Регламент турнира был утвержден на заседании общего собрания ФНЛ, прошедшего в пятницу в Доме футбола в Москве.
В Кубке примут участие восемь сильнейших клубов первенства ФНЛ по итогам первого круга: "Томь", "Урал" (Екатеринбург), "СКА-Энергия" (Хабаровск), "Спартак" (Нальчик), "Ротор" (Волгоград), "Нефтехимик" (Нижнекамск), "Сибирь" (Новосибирск) и "Балтика" (Калининград).
На первом этапе команды будут разделены на две группы по четыре участника. Лидеры групп по итогам предварительного этапа проведут финальный матч. Клубы, занявшие вторые места, сразятся за 3-е место. Третьи команды своих групп поспорят за общее 5-е место, а замкнувшие квартеты команды - за 7-е. Жеребьевка пройдет незадолго до старта турнира.
Встречи предварительного этапа группы А пройдут 9, 12 и 15 февраля, группы Б - 10, 13, 16 числа. Матчи за 5-6 и 7-8 места состоятся накануне финала и матча за 3-е место - 18 февраля. Имя обладателя второго Кубка ФНЛ станет известно 19 февраля.
Первым обладателем Кубка ФНЛ в феврале 2012 года стал екатеринбургский "Урал", обыгравший в финале ярославский "Шинник" со счетом 1:0.