Так, вместо декларируемой поддержки российского флота, фонд осуществляет деятельность по взысканию долгов. В результате ряд судостроительных предприятий водного транспорта находятся у него в долговой зависимости. Пытаясь вернуть долги фонду, предприятия занимали у него новые средства, либо продлевали сроки договоров под более высокие проценты.
Кроме того, с 2005 г. во исполнение указания руководителя Росморречфлота администрациями подведомственных морских портов с этими фирмами заключаются договоры на обязательное проведение аудита, юридическое и консалтинговое обслуживание учреждений.
Однако значительное количество консультаций носило фиктивный характер, а также по вопросам, зачастую не относящимся к компетенции администраций морских портов.
Таким образом, администрациями многих морских портов, в том числе и Ванинского морпорта, за фиктивные консультационные услуги было выплачено 140 млн. рублей.